La iglesia de San Francisco Solano se ubica en el solar de la casa donde nació este santo natural de Montilla y patrono de la ciudad. Su construcción se hizo a partir de 1681, al parecer con la participación de un artista tan importante como Melchor de Aguirre, quien en la tierra protagoniza el primer barroco, cuyas características se aprecian bien en este templo. De cruz latina con capillas laterales, evoca una típica iglesia conventual de la época, incluso en la austeridad de sus alzados, aunque las pechinas de la cúpula poseen unas bellas yeserías de carnoso tratamiento, propias de ese temprano barroco. Lo más interesante, sin embargo, es la fachada, que curiosamente se sale de una tipología tradicional para concebirse como un patio o claustro partido por la mitad, de forma que tiene tres arquerías en el frente y otras perpendiculares en los extremos, correspondiendo con ellas unos balcones superiores con orejetas en sus marcos. Esta parte de la iglesia y la portada que cobija dicho pórtico es lo que más evoca a Melchor de Aguirre. Tiene una breve torre adosada y chapada de azulejería y pináculo de aguja con tejado, realizada a principios del siglo XX. Conserva interesantes retablos dieciochescos, entre los que destaca el mayor, labrado por Gaspar Lorenzo de los Cobos, que acoge en su hornacina central una imagen de San Francisco Solano traída de Granada en 1689. Fue ampliada en 1726. En ella se encuentra la Capilla de Nuestra Señora de la Aurora, patrona de Montilla. Está declarada Monumento Histórico Nacional.

Templo de arquitectura y decoración neoclásicas, con retablos de estilo barroco.

La actual iglesia de La Encarnación es el templo de un antiguo colegio de la Compañía de Jesús fundado tempranamente en 1552 gracias a la intervención de la marquesa de Priego, doña Catalina Fernández de Córdoba. En esta época se labró una primera iglesia (hoy desaparecida), pero insuficiente, lo que obligó a que se construyese la actual, cuyas obras estaban en marcha en 1726, aunque no se vieron concluidas hasta 1944. Se trata de una típica iglesia jesuita, con planta en gran cruz latina, a cuya nave asoman capillas y sobre ellas tribunas altas laterales. Posee dos torres gemelas y en su interior guarda los restos del maestro San Juan de Ávila, Apóstol de Andalucía, hecho que convierte a esta iglesia en centro de constante peregrinación para el clero diocesano.

Retablos e imaginería barroca y moderna.

Es la más antigua iglesia de Montilla, construida a mediados del siglo XVI tras la conquista cristiana de la ciudad, en el solar de una mezquita y de una iglesia visigoda anterior. Su antigüedad también se advierte en la portada del lado del evangelio, que con su austero y robusto arco apuntado de sillería recuerda las soluciones de la arquitectura cisterciense. Presenta un sencillo retablo mayor de corte postrenacentista con la imagen del titular, que sustituyó al primitivo, y otros dos retablos barrocos a ambos lados del templo. Se trata de un sencillo edificio gótico-mudéjar con tres naves y sus respectivas cabeceras rectas, según el modelo usual de entonces: naves que se cubren con armaduras de madera elevadas sobre arcos apuntados con apoyos y capiteles aún de tradición románica. Antigua ermita que fue titulada iglesia a mediados del siglo XX.

Templo gótico mudéjar.

Unido al establecimiento de la congregación salesiana en Montilla, el templo dedicado a María Auxiliadora comenzó a construirse en el verano de 1929 sobre los terrenos del antiguo cementerio de la Veracruz, junto al Castillo. Terminado y bendecido en 1930, el nuevo templo salesiano de corte neogótico ha sido objeto en décadas posteriores de continuas reformas, introduciendo nuevos altares laterales e instalando un retablo mayor dedicado a la advocación de la titular.

El oratorio de San Luis Obispo y San Ildefonso, fundado por los marqueses de Priego justamente detrás de su palacio y para celebrar el nacimiento de su primer hijo varón, fue terminado en 1655. El templo es muy sencillo y característico de la arquitectura montillana de entonces, con aparatosas yeserías con los blasones de los fundadores. Presenta una mezcla sin sentido arquitectónico definido de elementos barrocos, retocado durante años por las sucesivas comunidades religiosas que han habitado el centro de enseñanza al que pertenece hoy la iglesia. Uno de los valores más interesantes que presenta es la cerrajería, hoy casi perdida, obra de fina artesanía cordobesa.

La Parroquia de La Asunción, erigida en populoso barrio "Gran Capitán" o "Casas Nuevas", comenzó a construirse en 1962 pero por dificultades presupuestarias no pudo abrirse al culto hasta 1969. En la iglesia, moderna y amplia, llaman la atención sus vidrieras y su despejada nave central.